城市里连续发生着不可思议的奇怪事件，还有为解决事件聚集起来的拥有特殊力量的少女：修道院里的十四岁孤儿----叶山小十乃、身为偶像的----白藤菜月以及与前世的噩梦战斗的谜之少女----圣三咲。　　想要审判污秽现有世界的人，想要保护现有世界的人，谁代表正义？谁又代表邪恶？　　失去记忆的少年出现了，命运的齿轮分明已经开始转动，新生？毁灭？还是……不可知的未来？...

这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。　　于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽...