一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！　　与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……...

　　故事发生在一间名为“燕雀”的侦探社之中，坐镇其中的，是名为洛基（樱井孝宏 配音）的美少年侦探。虽然表面上看来只是一个小孩子，但洛基的真身其实是北欧神话中的邪神，因为作恶多端而被放逐人间，在此期间陪伴着洛基，照料他饮食起居的，是原型为一条巨蟒的暗野龙介（三木真一郎 配音）。　　一次偶然中，一个名为大堂寺茧良（堀江由衣 配音）在无意之间闯入了燕雀侦探社之中，她希望洛基能够帮助她替一个会说话的洋娃娃...

运动万能、拥有正义感，在班上最受欢迎的美墨莎莎。成绩优秀，永远是班上的第一名，但其实有点天真的雪城乃香，两人同是就读菲诺奈学院女子中学部二年级的学生。某一天，莎莎和乃香各自遇见了不可思议的神奇生物美波和米波，他们由于故乡光之园遭到邪恶的攻击，因而逃到虹之园来。　　然后，莎莎和乃香被美波和米波赋予神奇的力量，携手变身成光之美少女“Pretty Cure”。　　性格和兴趣都完全相反的两个人将同...